बड़ी मात्रा में अपशिष्ट पदार्थों द्वारा जलीय प्रणालियों (उदाहरण: झीलें, नदियाँ, महासागर, जलभृत और भूजल) का प्रदूषण जो पानी को नकारात्मक तरीके से संशोधित करता है, जलीय प्रदूषण कहलाता है। इस प्रकार का पारिस्थितिक अभाव तब होता है जब हानिकारक प्रदूषकों को हानिकारक यौगिकों को हटाए बिना प्रत्यक्ष या अप्रत्यक्ष रूप से जलीय प्रणालियों में छोड़ दिया जाता है। जलीय प्रदूषण से सीधे तौर पर जल में जीवित रहने वाले जीवों और वनस्पतियों को नुकसान होता है, जिनमें उभयचर भी शामिल हैं। जलीय प्रदूषण के मुख्य स्रोत में औद्योगिक अपशिष्ट, खनन गतिविधियाँ, सीवेज और अपशिष्ट जल, समुद्री डंपिंग, जीवाश्म ईंधन का जलना, आकस्मिक तेल रिसाव, ग्लोबल वार्मिंग, वायुमंडलीय जमाव, शहरी विकास आदि शामिल हैं।