प्रतिकृति नई प्रतियाँ बनाने की प्रक्रिया है। एचआईवी वायरस केवल मानव कोशिकाओं में ही प्रतिकृति बनाता है। एचआईवी प्रतिकृति प्रक्रिया में सात चरण होते हैं, चरण हैं प्रवेश, रिवर्स ट्रांसक्रिप्शन, एकीकरण, ट्रांसक्रिप्शन, अनुवाद, असेंबली, रिलीज और परिपक्वता। यह प्रतिकृति प्रक्रिया कोशिका में प्रवेश के साथ शुरू होती है, इसमें CD4 नामक विशेष प्रोटीन होता है। कोशिका में प्रवेश करने के बाद रिवर्स ट्रांसक्रिपटेस एंजाइम वायरल आरएनए को डीएनए में परिवर्तित करता है। फिर इसे नाभिक के माध्यम से स्थानांतरित किया जाता है; इसे एचआईवी इंटीग्रेज एंजाइम द्वारा मानव डीएनए में डाला जाता है। सम्मिलन के बाद इस डीएनए को प्रोवायरस कहा जाता है। प्रो वायरस कोशिका में प्रवेश करता है, कोशिका सक्रिय हो जाती है, यह मानव एंजाइमों का उपयोग करके मैसेंजर आरएनए में परिवर्तित हो जाती है। उसके बाद एमआरएनए नाभिक के बाहर एंजाइम प्रोटीज़ परिपक्व नए वायरस कणों को स्थानांतरित करता है।