आणविक प्रतिरक्षा विज्ञान प्रतिरक्षा विज्ञान की एक शाखा है जो आणविक स्तर पर प्रतिरक्षा प्रणाली और इसकी प्रक्रियाओं का निदान और विश्लेषण करने पर ध्यान केंद्रित करती है। प्रतिरक्षा प्रणाली वह प्रणाली है जो जीवित शरीर को विदेशी संस्थाओं, जैसे शरीर में बैक्टीरिया या अन्य संक्रामक एजेंटों से बचाती है।