रोग बायोमार्कर की पहचान के लिए प्रोटीन दृष्टिकोण मुख्य रूप से असामान्य रूप से व्यक्त प्रोटीन की पहचान करने के लिए सामान्य और रोग ऊतकों में प्रोटीन अभिव्यक्ति के तुलनात्मक विश्लेषण पर निर्भर करते हैं जो नए बायोमार्कर का प्रतिनिधित्व कर सकते हैं, स्रावित प्रोटीन का विश्लेषण (सेल लाइनों और प्राथमिक संस्कृतियों में), और प्रत्यक्ष सीरम प्रोटीन प्रोफाइलिंग. प्रोटिओमिक्स कार्यप्रणाली में प्रोटीन अभिव्यक्ति का मूल्यांकन (वेस्टर्न ब्लॉटिंग और एंजाइम-लिंक्ड इम्युनोसॉरबेंट परख और अन्य एंटीबॉडी-आधारित तरीकों द्वारा) और उच्च-रिज़ॉल्यूशन 2-आयामी जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस, उच्च-प्रदर्शन के साथ बायोसैंपल में प्रोटीन का अलगाव, पहचान और मात्रा का ठहराव शामिल है। तरल क्रोमैटोग्राफी, सक्रिय सतहों पर प्रोटीन के सोखने द्वारा सतह क्रोमैटोग्राफी (मैट्रिक्स-सहायता प्राप्त लेजर डिसोर्प्शन-आयोनाइजेशन तकनीक),
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